在北京，公司可以申请京牌小客车指标，但需要满足一定的条件和要求。根据北京市相关规定，注册地在北京市的企业，如果具有统一社会信用代码的有效营业执照，并且上一年度在北京市缴纳入库增值税额达到5万元（含）以上，就可以申请小客车配置指标 。对于新注册企业，当年在北京市缴纳入库增值税额达到5万元（含）以上，同样可以申请指标。此外，制造业企业、信息传输、软件和信息技术服务业企业，如果上一年度在北京市完成固定资产投资额1000万元（含）以上，也可以申请指标 。

单位可以申请的小客车配置指标数量，根据上一年度增值税额或固定资产投资额来确定。例如，通过上一年度增值税额的资格条件办理指标申请的企业，当年可以申请1个指标，每增加50万元可以增加申请1个指标，但年度申请指标数量上限为12个。在申请指标数量的上限范围内，可以全部申请新能源指标，但普通指标的申请数量不得超过6个 。

单位在申请更新指标时，如果单位名称发生变更，需要携带相关材料到车辆管理部门办理信息变更手续，然后再办理出售、报废手续 。此外，如果单位需要申请机动车临时行驶车号牌，可以到北京市公安局公安交通管理局车辆管理所进行办理，办理时限为0.5个工作日内，收费标准为每张5元 。

需要注意的是，单位持新能源小客车指标只能购置新能源小客车，并且在出售或报废后，只能申请新能源小客车更新指标。而单位持有普通小客车指标，可以购置新能源小客车，但在出售或报废后，如果要申请普通小客车更新指标，需要先办理相关确认手续 。

综上所述，北京公司可以通过满足一定的条件和要求来申请京牌小客车指标，包括根据纳税额或固定资产投资额来确定可申请的指标数量，以及在单位名称变更或车辆出售、报废后及时办理相关手续。