如果公司转让车牌后不再经营，税务上需要进行以下特别处理：

1. 清算所得税：公司在清算过程中，需要计算并缴纳清算所得税。这包括对公司的资产进行评估，计算转让资产的净收益，并按照规定缴纳企业所得税.

2. 增值税处理：如果公司在转让车辆时已经抵扣过进项税，则需要按照13%的税率计算应缴纳的增值税。如果公司在购入车辆时为小规模纳税人，后来被认定为一般纳税人后销售旧车，则可以享受按照简易办法依3%征收率减按2%征收增值税的政策.

3. 印花税：根据《中华人民共和国印花税法》，转让车辆的合同属于买卖合同，对方是个人的就可以享受免印花税，因此不需要缴纳印花税

4. 个人所得税：如果公司以非公允价值转让（低价或无偿）车辆给个人，可能涉及到个人所得税问题。例如，如果低价或无偿转让对象是企业员工，与市场价的差价部分属于受让员工的“工资薪金所得”，应并入当月的工资，一并按照“工资薪金所得”扣缴个人所得税.

5. 税务注销：公司在完成所有税务清算后，需要向税务机关申请税务注销，正式结束公司的税务登记.

6. 车辆购置税：如果车辆属于免税、减税车辆，因转让、改变用途等原因不再属于免税、减税范围的，纳税人在办理纳税申报时，应当如实填报《车辆购置税纳税申报表》。

7. 税务登记变更：在税务注销前，需要完成税务登记变更手续，提交公司营业执照副本、股权转让协议等相关材料

8. 账务处理：在车辆转让过程中，需要进行相应的会计分录处理，包括固定资产清理、销售收入、损益结转等。

以上是公司转让车牌后不再经营时需要进行的税务处理，确保所有税务事项得到妥善处理，避免未来的法律和税务风险。